Cały poprzedni sezon Zapata spędził w Milanie na zasadzie wypożyczenia z Villarrealu. Kolumbijczyk grał w barwach rossonerich w miarę regularnie. W sezonie 2012-13 Zapata wystąpił w 23 spotkaniach Serie A.
Dzisiaj AC Milan poinformował, że Zapata zasilił klub na zasadzie transferu definitywnego. Kontrakt tego piłkarza obowiązuje do końca czerwca 2016 roku.